Български лекарски съюз има 108 – годишна история. Създаден е на 19.10.1901 г. и е вторият в Европа – след английския, който слага началото на съсловната дейност на лекарите. Имал е изключително важна роля и влияние в обществото и здравната политика на страната, тъй като в този период България няма министерство на здравеопазването. Освен разрешително за практика на всички лекари, съюзът е създавал правилата и критериите за заплащане на техния труд. Членството в организацията е било задължително. От 1947 г. БЛС преустановява своята дейност, поради сливането му с профсъюза на медицинските работници в България.
Възстановен е през 1990 г. от група български лекари. Така на 13 януари 1990 г. в София се провежда първото Общо събрание, на което се взема решение за възстановяване на Български лекарски съюз. На него се приемат Обществена платформа на БЛС, Временен устав и Програма за непосредствените задачи на Съюза. Избрани са временни централни органи: Управителен съвет, Контролна комисия и Комисия по професионална етика, които да осигурят функционирането на организацията до свикване на лекарски събор през следващите месеци. Определена е и комисия, която в течение на няколко дни да подготви приетия устав, за внасяне в съда, заедно с всички други документи, с искане за регистриране на Съюза.
Призовават се всички областни градове в срок до 28 февруари 1990 г. да учредят дружество на лекарите, работещи на територията на техния регион.
През своето съществуване БЛС е преминал през исторически и политически трудности, но въпреки това е успял да надхвърли своя съсловен формат и се е превърнал в институция, с която се съобразяват другите. БЛС има представителство във Висшия медицински съвет, участие в Комисията по здравеопазване в Народното събрание и представителство във Висшия акредитационен съвет. БЛС организира, регистрира и контролира квалификацията на лекарите, изработва правилата за добра медицинска практика и подготвя новия кодекс по лекарска етика. По този начин изпълнява функциите на лекарските камари в някои европейски държави.
БЛС е за договорното начало. Затова всяка година участва в изработването на Националния рамков договор.
БЛС е член на Световната медицинска асоциация, Постоянния комитет на европейските лекари и Европейската федерация на лекарите на държавна служба.